เป็นการปรับแต่งข้อมูลโดยรวมของเว็บไซต์ที่เราจะสร้าง เช่น ชื่อเว็บ, URL, คำขวัญเว็บ, ภาษา, เวลา การกำหนดเกี่ยวกับสมาชิก เป็นต้น

การเข้าเมนูผู้ดูแลเว็บ
คำสั่งในการจัดการเว็บไซต์จะอยู่ในเมนูผู้ดูแลเว็บ การเข้าจะต้องใช้รหัสผ่าน ซึ่งได้ทำไว้ในขั้นตอน การติดตั้ง PHPNuke เรียบร้อยแล้ว การใช้งานก็จะเป็นการเรียกใช้ไฟล์ชื่อ admin.php
1. จากตัวอย่างในเครื่องนี้ ในโฟล์เดอร์ชื่อ www ที่เก็บไฟล์ของโปรแกรม phpnuke ได้แก้ไขชื่อ ไฟล์จาก admin.php เป็น honda.php
2. การเรียกใช้งานก็พิมพ์ http://localhost/honda.php
3. เมื่อพิมพ์ชื่อไฟล์และกด Enter แล้ว ก็จะปรากฏหน้าจอให้พิมพ์ชื่อเรียกและรหัสผ่าน
4. พิมพ์เสร็จแล้ว คลิกปุ่ม เข้าระบบ
5. ก็จะเข้าสู่หน้าจอ เมนูผู้ดูแลเว็บ
6. การออกจากหน้าจอนี้ ให้คลิกที่ ออกจากระบบ

ในขั้นตอนการติดตั้งถ้าไม่เปลี่ยนชื่อไฟล์ admin.php ให้เป็นชื่ออื่น การบุกรุกเข้าเว็บไซต์ของเรา ก็เป็น เรื่องง่าย ขึ้นมาอีกนิดหนึ่งเพราะผู้บุกรุกจะเข้าถึงหน้าจอให้พิมพ์ชื่อเรียกและรหัสผ่านได้ทันทีถ้าเปลี่ยนเป็นชื่อ
อื่น กว่าจะเดาชื่อไฟล์ได้ก็ยากพอแล้ว ความปลอดภัยก็จะมากกว่า

ตัวอย่างการปรับแต่งค่าต่างๆ ของเว็บไซท์ PHPNuke
1. คลิกที่ ค่าติดตั้งเฉพาะระบบ
2. ปรับแต่งส่วนต่าง ๆ ซึ่งมีทั้งหมดดังนี้
- ข้อมูลทั่วไป
- เลือกแบบหลายภาษา
- ข่าวสารท้ายหน้า
- ปรับแต่ง Baekend
- เมล์เรื่องใหม่ไปผู้ดูแลเว็บ
- ส่วนเพิ่มรูปภาพ
- ส่วนเพิ่มอื่น ๆ
- ส่วนของสมาชิก
- ส่วนของการตัดคำหยาบ