คำสั่งในการจัดการเว็บไซต์จะอยู่ในเมนูผู้ดูแลเว็บ การเข้าจะต้องใช้รหัสผ่าน ซึ่งได้ทำไว้ในขั้นตอน การติดตั้ง phpnuke เรียบร้อยแล้ว การใช้งานก็จะเป็นการเรียกใช้ไฟล์ชื่อ admin.php
1. จากตัวอย่างในเครื่องนี้ ไฟล์ admin.php ผู้เขียนได้เปลี่ยนชื่อเป็น honda.php
2. การเรียกใช้งานก็พิมพ์ http://localhost/honda.php
3. เมื่อพิมพ์ชื่อไฟล์และกด Enter แล้ว ก็จะปรากฏหน้าจอให้พิมพ์ชื่อเรียกและรหัสผ่าน
4. พิมพ์เสร็จแล้ว คลิกปุ่ม เข้าสู่ระบบ
5. ก็จะเข้าสู่หน้าจอ เมนูผู้ดูแลเว็บ
6. การออกจากหน้าจอนี้ เมื่อไม่ต้องการใช้งานแล้ว ให้คลิกที่ ออกจากระบบ/เลิกโปรแกรม