ก่อนทำการกำหนดพาร์ติชันด้วยคำสั่ง Fdisk นั้น ควรทำความรู้จักระบบการจัดเก็บไฟล์หรือ FAT (File Allocation Table) กันก่อน แฟตเป็นตารางที่ใช้เก็บตำแหน่ง ของไฟล์หรือโปรแกรมต่างๆ ที่อยู่บนฮาร์ดดิสก์ ถ้าไม่มี FAT จะทำให้คอมพิวเตอร์หาข้อมูลไม่พบ
แต่เดิมตั้งแต่ระบบปฏิบัติการ DOS จนมาถึง Windows 95 OEM จะใช้ FAT 16 หรือระบบ FAT ที่เป็น 16 บิต ทั้งนี้ในขณะนั้นขนาดของฮาร์ดดิสก์ยังไม่ใหญ่มากนัก ไม่เกิน 2 กิกะไบต์ ทำให้ไม่มี ปัญหากับระบบ FAT แบบ 16 บิต ต่อมาเมื่อฮาร์ดดิสก์มีขนาดใหญ่มากเกิน 2 กิกะไบต์ หากใช้ระบบ FAT 16 คอมพิวเตอร์จะมองไม่ เห็นฮาร์ดิสก์ส่วนที่เกิน 2 Gb เช่นมีฮาร์ดดิสก์ความจุ 4.3 Gb จะมองเห็นแค่ 2 Gb จะไม่เห็นที่เหลืออีก 2.3 Gb ด้วยเหตุนี้ทางไมโครซอฟท์จึงได้สร้างระบบ FAT 32 ขึ้นมา เพื่อจัดการกับฮาร์ดดิสก์ที่มีขนาดเกินกว่า 2 กิกะไบต์ โดยเริ่มติดตั้งระบบ FAT 32 กับ Windows 95 OSR 2.0 เป็น ครั้งแรก และก็ได้มีการพัฒนาเป็น OSR 2.1, 2.5 และ Windows 98 ตามลำดับ นั่นก็คือตั้งแต่ Windows 95 OSR 2.0 จนมาถึง Windows 98/ME/2000/XP ได้มีการติดตั้งคุณ สมบัตินี้มาด้วย เพราะ ในปัจจุบันฮาร์ดดิสก์ส่วนใหญ่มีความจุมากกว่า 2 กิกะไบต์ หากใช้ FAT 16 จะทำให้สิ้นเปลืองพื้นที่ของฮาร์ดดิสก์มาก และหากทำเป็นระบบ FAT16 ก็ต้องแบ่ง ฮาร์ดดิสก์ไว้หลายไดรว์ เช่น มีฮาร์ดดิสก์ขนาด 8 Gb 1 ตัวต้องแบ่งเป็น 4 ไดรว์ ไดรว์ละ 2 Gb แต่ถ้าเป็น FAT32 ก็สามารถกำหนดเป็นไดรว์เดียว 8 Gb ได้เลย
ระบบไฟล์แบบ NTFS เป็นระบบการจัดเก็บไฟล์โดยเฉพาะของ Window NT/2000 และ XP เป็นระบบที่ดีกว่า FAT16 หรือ FAT32 ในด้านความปลอดภัย สามารถกำหนดระบบความปลอดภัย ให้กับข้อมูลที่มีอยู่ในเครื่อง ตลอดจนสามารถกำหนดรายชื่อบุคคล ที่จะมาใช้เครื่องนั้นๆ ว่าใครสามารถ ใช้ได้บ้าง ระบบไฟล์ แบบนี้จะใช้กับคอมพิวเตอร์ที่เป็นเครื่อง Server ไม่เหมาะกับเครื่องที่ใช้งาน ตามบ้านซึ่งใช้แค่ระบบ FAT32 ก็เพียงพอแล้ว